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系统发生树通常包含与树的内部节点或分支相关的信息。例如，以下爬行动物的系统发育关系具有与其分支相关的引导值，并且在内部节点上具有较高的分类学等级名称（例如，Amniotes，Archosaurs）。

这些信息可以包含在Nexus和Newick纯文本树文件中。但是，这些格式不能区分应在内部节点上显示的值和应与内部分支关联的值。因此，当您将这些格式导入Geneious时，系统会要求您指定是将属性视为分支支持值还是节点标签。

分配支持值给分支或节点的影响

正确地生根树通常是创建或导入树后的第一步，因为由于大多数树推理方法的性质，根的初始位置通常是任意的。因为当树被重新植入时，与内部节点和分支关联的值的行为会有所不同，因此Geneious需要知道这些值是否为节点支持值或分支标签才能将其正确放置在重新生成的树上。

例如，考虑下面的灵长类树。左边的树（a）已经任意植根于人类分支，而不是其他哺乳动物分支。注意人类和黑猩猩与其余分类群的分裂（分支）支持值为85％，尽管根的位置具有误导性，但它代表了对人类和黑猩猩分支（Hominini）的支持。通过将引导支持值视为分支支持，当树重新植根于右侧树（b）中的其他哺乳动物分支时，85％引导值正确地停留在将人和黑猩猩与其他分类群分离的分支上，现在位于Hominini节点旁边。

灵长类树a）任意地在人类分支b）正确地与其他哺乳动物分支重新扎根。

如果我们将引导程序支持视为与节点相关的值，则重新生成树会将相关的引导程序值与错误的节点相关联，如下面的树中所示。在这种情况下，85％的bootstrap支持值出现在Great Apes节点上，给人的印象是它表示支持错误的分支（即Great Apes），而不是Hominini。

 
由于与节点而不是分支相关联，灵长类树重新植根于其他哺乳动物分支，其引导值位于错误的地方。