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這個問題已經包含在 官方文件.
Geneious PAUP *插件（http://www.geneious.com/plugins/paup-star-plugin）为运行PAUP *提供了一个界面，但您必须获得您自己的PAUP *程序副本。
该插件可与PAUP *的商业版本一起使用，包括版本PAUP * 4.0b10，该版本以前可从Sinnauer Associates获得。它也适用于新的alpha测试版本命令行二进制文件，可从 http://phylosolutions.com/paup-test/获得。您必须使用版本PAUP * 4.0a149或更高版本，插件版本1.3.1或以上。